El nombre es proveniente del náhuatl, hasta el 22 de junio de 1889 los límites entre este municipio y Mecayapan, no habían sido determinados, en 1898 el antiguo municipio conocido como Minzápan desapareció como tal y fue anexado a Pajapan por decreto ese mismo año.
El municipio está localizado al sur de Veracruz, a orillas del Golfo de México, y la Sierra de San Martín, esta a una distancia aproximada de 496 km de Xalapa, la capital del Estado. Su superficie es el equivalente al 0.42% de Veracruz con aproximadamente 305 km2, la misma está conformada por arboles como el caoba, huapaque, macayo, entre otros. En el municipio habitan animales de diferentes especies, unos perfectos ejemplos serian los búhos, las garzas y una variedad de reptiles.
La localidad tiene escasez de ríos, pero en cambio cuenta con varios arroyos y esteros, que desembocan en el Golfo, además cuentan con lagunas como Laguna Grande y la del Ostión.
El clima de la ciudad es cálido-húmedo-regular, su temperatura promedio es de aproximadamente 23°C, y su precipitación es de 2476mm. Los principales recursos naturales de la localidad son los forestales, ya que se explotan las maderas con las que cuentan, como lo es la caoba, o el cedro.
En el municipio se cuenta con un tipo de suelo que se caracteriza por la asentación y acumulación de agua, este tipo de suelo es llamado gleysol.
En Pajapan, más del 60% de la población es hablante del náhuatl, esto es alrededor de 6 986 personas, de las cuales 3 521 son hombre y 3 465 son mujeres.
La población mayor de 5 años se divide entre las religiones de la localidad, por ejemplo, 6 180 son católicos, 1154 son evangelistas, un mínimo de 228 son de alguna otra religión y 1 640 se abstienen de alguna.
En el municipio no se cuenta con bachilleratos o universidades, solo se tienen 20 institutos de preescolar, 22 primarias, y tan solo 2 secundarias. Los encargados del sector salud dentro del municipio son 4 instituciones por parte de la Secretaría de Salud, además de tener el servicio conocido como consulta externa.
Las actividades primarias de la localidad, y las principales son:
Agricultura: El municipio es productor de maíz, sorgo, frijol, y otros productos.
Ganadería: Se cuenta con ganado bovino, equino, porcino, ovino, etc.
